A menos de un mes de su llegada, el club mexicano decidió interrumpir el vínculo del atacante «por imcumplimientos».
Luego de varios meses sin club luego de su salida de Ferro, Brian Fernández tuvo una nueva oportunidad en Atlético Morelia, club de la Liga Expansión MX (segunda división). Pero la estadía del punta duró menos de un mes.
Tras una breve puesta a punto, el ex Colon hizo su presentación en el elenco mexicano disputando seis minutos ante Leones Negros. Luego vio acción en 12 minutos en el cotejo con Atlético La Paz, con gol incluido en la victoria 2 a 0, pero se generaron algunos incumplimientos en su contrato que provocaron la drástica decisión del club. Según medios mexicanos, el jugador habría tenido algunas discusiones con directivos y se habría ausentado a algunos entrenamientos.
En la institución conocían de sus problemas y corrían el riesgo al contratarlo, aunque también le rescindirían ante el mínimo problema, y lo hicieron. Así las cosas, Fernández finaliza su paso por Morelia con 18 minutos disputados y una nueva incertidumbre en su futuro.